L'histoire de l'archipel est marquée par de multiples influences : d'un premier peuplement bantou, originaire de la côte orientale de l’Afrique mêlée à des arabo-perses. Les Îles ont également fascinées les anciens sultanats de la haute civilisation de l’Islam : les Phéniciens, Egyptiens, et Syriens qui ont envahis les Comores dès la haute antiquité.

Au début du XVIème siècle, des commerçants arabes venus d’Afrique de l’Est, des Noirs bantous et des Indonésiens s’installèrent aux Comores.  Au XIIIème et le XVI ème siècle, on assista à l’arrivée massive des chiraziens dans l’archipel mettant en place l’institution des sultanats qui restera le système politique en vigueur jusqu’à la colonisation au XIX ème siècle.

L'islam apparut dès le IXe siècle comme en témoignent les sépultures de rite musulman découvertes à Mayotte dans la nécropole de Bagamoyo. Les marchands de passage arabo-persane de Chiraz ont constitué les premières communautés musulmanes de l'archipel. La plus ancienne mosquée de l'archipel se situe à Anjouan, sur le site du vieux Sima et daterait du XIIe siècle. 

En 1886, les Comores deviennent un protectorat français, puis une colonie française en 1912. Par la suite, le pays obtint l’autonomie interne en 1961. Le 6 Juillet 1975, elles proclament l’indépendance unilatérale de l’archipel des Comores. Les habitants de Mayotte quant à eux décidèrent de rester liés à la France.